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数据加密医疗大数据平台应使用加密存储和传输。存储加密，即医疗数据平台处理后的数据先加密再存储，防止重要数据被非法窃取或窥探。加密过程选择了加密强度较高的加密算法，如 AES 等国际通用算法或SCB2 等我国规定的国有商密算法。同时采用集中化的数据加密密钥管理与分发机制，实现对数据加密密钥的安全管理。传输加密，在用使用浏览器搜索病历查看病历全文时，即数据传输过程中，也对传输的数据进行加密。用户首先需要获得由医院信息中心保管并分发的私钥。用户查看病历时，使用信息中心提供的私钥才能正确地解密病历，如同银行用户使用网银前，先向银行索取 UKey，或者下载安全证书一样。医院如果每名医生都有UKey，即可采用Ukey 的管理模式，实名管理每名用户，做到安全控制。数据存储加密会在一定程度上影响计算及读取速度，技术服务商可以对医院进行按需调整。数据加密机制保证数据不会被第三方轻易侦听，在数据应用服务的过程中难以被解读和察觉数据内容，以及部分数据因非预期的不可控因素遗失后，也会因不可解密而不会产生恶劣影响。
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