苏州高新股份公司控股股东为苏州苏高新集团有限公司，最终控制方为苏州市虎丘区人民政府。作为公司主要控股股东，苏州苏高新集团有限公司直接持股比例为 43.8%；苏州苏高新集团由苏州市虎丘区人民政府控股，持股比例为 90.3%、江苏省财政厅参股，持股比例为 9.7%。公司第二、第三大股东分别为东方国际创业股份有限公司和中央汇金资产管理有限责任公司，分别持股 3.0%和 1.3%。